La gestión de los productos y servicios de FINAGRO, así como de los programas administrados en su mayoría, requieren de trámites que no son realizados directamente ante la entidad por los beneficiarios interesados en acceder a ellos, ya que en el caso de los productos y servicios se efectúan ante los Intermediarios Financieros o las Compañías Aseguradoras, y estos los registran en FINAGRO que actúa como un establecimiento de crédito de segundo piso facilitando los productos (crédito, garantías, incentivos, subsidios) o concediendo el servicio asociado; y en el caso de programas administrados los beneficiarios acceden a través de operadores, definidos para el efecto por FINAGRO, establece los trámites que los beneficiarios deben realizar para acceder a los incentivos o apoyos. Los programas administrados son fondeados con los recursos que el MADR o entidades públicas del orden nacional o regional le entregan en administración mediante convenios y planes operativos, y su apertura e implementación operativa y consecuentemente la entrega efectiva de los mismos está condicionada a la apropiación de recursos por el MADR o la Entidad Territorial.

Por su parte, FINAGRO ha establecido dentro de su Plan Estratégico Institucional las estrategias para una política de simplificación de normas para el acceso a los productos, servicios y programas administrados, y en el PETIC para la mejora continua de las plataformas tecnológicas para el registro de información y su administración de manera simplificada, ágil y amigable, enfocadas a facilitar el acceso al financiamiento de los proyectos productivos al mayor número de productores agropecuarios y rurales. Ver Capítulo 9. "Estrategia Anti trámites" del Plan Anticorrupción y Atención al Ciudadano y Conflicto de Interés.